科研处是在校长领导下负责全校科研管理的职能部门。主要负责全校的科研平台建设；科技项目的申请及过程管理；科技成果奖励的组织与申报、知识产权管理、科技成果的转化；重大科技项目的协调组织工作；学术交流与合作；学会工作；科协工作；科技评估与统计等工作。
    工作思路：加强自主创新、整合学校资源、争取重大项目、加速成果转化、实施科技强校战略。
    工作宗旨：正直诚实、追求卓越；热情服务、科学管理；公正协调、严格监督。

    工作职责：

      1、贯彻执行国家、部委、重庆市有关科技工作的路线、方针、政策。

      2、制定学校中、长期科技发展规划和年度工作计划。

      3、负责全校科研平台的建设和管理。

      4、组织全校科研项目的立项申请、阶段检查、结项申报等管理工作。

      5、组织各类科研成果奖的申报、获奖成果奖励、知识产权管理、科技成果转化与宣传工作。

      6、组织开展校内外及国际间的学术交流活动。

      7、负责学会工作、科协工作和对全校科技人员的科研工作量的核定、认定及考核工作。

    在科研管理工作中，我们坚持“求实、创新、团结、协作”的精神，以热情服务、科学管理、公正协调、严格监督为宗旨，加强重点科研基地的建设，争取重大项目和重大科技成果，加速成果转化，以实现科技强校的战略目标。

    经过多年的建设发展，学校的科学研究不断取得新的突破，科研实力大幅度增强。现有教育部科技创新团队2个，重庆市教委科技创新团队5个，国家人才3人，长江学者和国家杰出青年科学家7人，国家重大科技专项首席科学家4人，“973”首席科学家2人。目前，重庆医科大学拥有国家工程研究中心1个、国家生物产业基地1个、教育部重点实验室3个、省部共建重点实验室1个、卫生部重点实验室1个、省级重点实验室21个、省级工程研究中心5个、省级人文社科基地1个。2011年，全校获得各类科研经费达到1.55亿元，获得NSFC经费排名医学部第二，SCI收录论文突破400篇，连续12年创出历史最好成绩。